Stiftelsen Tyrestaskogen instiftades 1993 av Naturvårdsverket, Länsstyrelsen i Stockholm, Stockholms stad, Haninge kommun och Tyresö kommun. Varje instiftare utser två ledamöter på en mandattid av fyra år vardera, Tyresö kommun dock bara en ledamot. För alla ledamöter utses en ersättare på fyra år. Naturvårdsverket utser ordförande. Naturvårdsverket och Länsstyrelsen utser tjänstemän på myndigheten, kommunerna utser politiker.
Anders Nylén, tidigare naturvårdschef på Länsstyrelsen, är ordförande sedan den 1 januari 2012. Vice ordförande är Mats Lindblom från Tyresö kommun.